Đầu thế kỷ 20, một Hội kín yêu nước được lập nên ở Biên Hòa, mang tên trại Lâm Trung. Trại chiêu tập người, tổ chức luyện tập võ nghệ, trang bị vũ khí, tích trữ lương thực…chờ thời cơ đánh Pháp. Người dân xem những trại viên Lâm Trung trại như những vị hảo hán Lương Sơn Bạt. Căn cứ trại đóng tại núi Gò Mọi, vùng Thiện Tân, Vĩnh Cửu

.
Cuối tháng 1/1916, nghĩa quân trại Lâm Trung chia làm nhiều toán tấn công vào các nhà hội ở Tân Trạch, Tân Khánh, Tân Lương… và khám đường Biên Hoà, chợ Tân Uyên (lúc bấy giờ thuộc tỉnh Biên Hoà). Cuộc tấn công làm cho quân Pháp và chính quyền tay sai ở Biên Hoà bất ngờ. Thế nhưng, sau đó, quân Pháp tập trung lực lượng đàn áp, lùng bắt các trại viên. Tháng 3/1916, giặc Pháp bắt được các trại viên chủ chốt trại Lâm Trung.

Tháng 6/1916, thực dân Pháp lập toà án xử các trại viên Lâm Trung và tuyên án tử hình 9 người tại Dốc Sỏi (xóm Bình Thành, nay là đầu đường Hưng Đạo Vương). Trước khi bị xử bắn, một số trại viên đã tỏ rõ khí tiết hiên ngang, dõng dạc tuyên bố trước họng súng quân thù “Ta sinh làm tướng, chết làm thần, chúc bà con ở lại mạnh giỏi”, “Cứ bắn ta đi, ta xem cái chết như quy thị tân gia”.

Thi thể của các trại viên bị xử tử được chôn chung trong một nấm mộ (hiện nay vẫn chưa xác định được vị trí). Người dân tiếc thương và ngưỡng mộ tinh thần bất khuất của các nghĩa sĩ nên lập một miếu thờ tại nơi các vị đã hy sinh vào năm 1918. Để tránh sự dòm ngó của chính quyền Pháp, họ gọi đây là Miếu Cô hồn.

Năm 1920, ngôi miếu được chuyển về khu đồi cao, tức là vị trí hiện tại ở đường Phan Đình Phùng, đồng thời xây cất lại thành một ngôi chùa mang tên Bửu Hưng tự. Thuở ấy, đây chỉ là một ngôi chùa đơn sơ. Vị sư đầu tiên được thỉnh về trụ trì một thời gian thì viên tịch, nay không rõ pháp danh. Từ đó chùa không có trụ trì mãi cho đến 1958. Chùa được trùng tu vào những năm 1960, 1963, trùng tu với quy mô lớn năm 1967. 1999. Tuy vậy đến nay đây cũng chỉ là một ngôi chùa nhỏ và khá đơn sơ. Chánh điện chùa có diện tích 54 m² (7,7 x 7 m).

Vào tháng 6 năm 1945, dưới sự chủ trì của đồng chí Hoàng Minh Châu, hội nghị cán bộ đảng ở Biên Hòa đã được triệu tập ở gian phía sau chùa. Hội nghị đã quyết định những vấn đề quan trọng về chủ trương, chuẩn bị cho nhân dân Biên Hòa nổi dậy giành chánh quyền trong cách mạng tháng Tám; thành lập ủy ban khởi nghĩa; lấy tổ chức Thanh niên Tiền phong để tập họp đồng đảo các tầng lớp công nhân, nông dân, trí thức, người lao động sẵn sàng nổi dậy khi có thời cơ, vận động binh lính của Pháp ngã theo cách mạng giao nộp vũ khí...