Địa hình Khánh Hoà thấp dần từ tây sang đông với những dạng núi, đồi, đồng bằng, ven biển và hải đảo. Hai sông lớn nhất chảy qua tỉnh là sông Cái (đổ ra biển tại Nha Trang) và sông Dinh. Trong đó huyện đảo Trường Sa quy tụ trên 100 đảo.